Thunderbolts mempertemukan tim antihero MCU Yelena Belova, Bucky Barnes (Winter Soldier), Red Guardian, Ghost, Taskmaster, dan U.S. Agent yang dijebak dalam rancangan kematian oleh Valentina Allegra de Fontaine. Para tokoh “buangan” ini kemudian digabungkan dalam tim Thunderbolts dan terlibat dalam misi berbahaya yang memaksa mereka menghadapi trauma serta masa lalu kelam masing-masing. Perjalanan mereka menuntun pada Krisis emosional dan konflik moral sebelum akhirnya mereka dipromosikan menjadi “New Avengers.”